当前，合肥巢湖经开区正以学习贯彻落实市第十次党代会2015年会议精神为契机，认真谋划“十三五”发展规划，高标准规划产业蓝图。该区坚持科技创新、生态低碳和差异化发展不动摇，全力建设世界级高端产业集群、国际化创新创业中心、三产融合绿色文旅新市镇。
　　
　　该区瞄准国际国内前沿和高端，突出项目引领，强化招才引智，发展壮大战略性新兴产业，大力培育高科技服务业，加快打造全省乃至全国性的产业集群，努力向世界级迈进。“十三五”期间，该区将发展大健康产业集聚，按照“药、医、养、健、游”的发展思路，以扶持壮大龙头企业为核心，打造全球首个生物经济实验区、全国首个安全食品产业示范基地、5A级景区和国家级旅游度假区，成为全球产业规模最大、产业链最为完整的国际化大健康产业基地之一。该区还将发展“中国制造2025”高端装备制造产业集群，实施协同创新工程，加快推进微小型及重型燃气轮机研发与产业化，推动新能源汽车整车及关键零部件集聚发展。
　　
　　如今，合巢经开区在“工业发展主引擎、创新发展新高地”的战略定位下，生物医药、高端装备制造、高技术服务业等为主导的现代产业格局基本形成。北大未名生物经济研究院加强国内外合作，推动第四代抗体药、细胞培养等技术在国内临床研究和产业化。微小型燃气轮机研究院研发进展国内领先，3款机型年底实现运转。另外，中国农科院合肥食品创新研究院等一大批项目的开工建设夯实了园区发展的“底盘”。