战略性新兴产业代表着科技创新和产业发展的方向，与传统产业相比，战略性新兴产业具有技术与市场深度融合、跨领域高度交叉的特征。党的十八大提出，要坚持走中国特色自主创新道路，以全球视野谋划和推动创新，提高原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新能力，更加注重协同创新。这为战略性新兴产业创新发展指明了目标和方向。当前和今后一个时期，深化战略性新兴产业协同创新要从以下4个方面开展。
　　
　　顶层设计
　　
　　多维构建协同创新机制
　　
　　从战略协同、制度协同、组织协同、资源协同、产业协同5个方面构建战略性新兴产业协同创新机制。战略协同要求建立联动机制，做好战略性新兴产业协同创新的顶层设计。制度协同是对战略协同的落实和细化，政府部门在战略框架下系统制定相关政策，明确和厘清各类创新主体在协同创新中的职能和边界，政策扶持和资金投入要结合各主体的组织特性有的放矢，加强资金使用规范，提高政府投资效益。组织协同强调创新活动要围绕产业价值创造目标，动员多主体共同从事创新活动，要突出市场导向，充分激发合作主体创新动力，同时，要突出创新链协同，加大基础研究和产业共性技术研发投入，以期从创新源头触发突破性创新。资源协同要求突破组织间壁垒，实现人才流、信息流、资本流和知识流的无缝对接。产业协同要求依据战略性新兴产业之间的关联性，实现产业之间的对接。
　　
　　因“业”制宜
　　
　　合理选择协同创新模式
　　
　　一般而言，协同创新具有企业主导型等5种模式：一是企业主导型协同创新模式。一般是市场拉动型创新，创新动力和投资主要来源于企业，由企业主导创新流程，吸纳大学或科研院所的科研力量合作创新。二是高校或科研院所主导型协同创新模式。一般是技术推动型创新，由高校或科研院所主导，将自身创新技术成果商品化和产业化，可分为高校以自有成果组建公司或以技术入股等方式进行技术创业，以及高校将成熟技术向企业转移。三是政府主导型协同创新模式。政府发挥其决策指挥、协调管理及信息互换服务等功能，推动各参与主体紧密结合，适合需要政府提供较多的配套环境、政策支持的产业。四是基于协同平台的协同创新模式。以大型科学仪器设备共享平台、公共技术研发平台、公共检测试验平台和高技术研发机构、高技术转移中心和孵化基地等为载体和纽带，形成完整的技术链、资金链、服务链进行协同创新。五是基于产业链的协同创新模式。围绕产业链，针对关键技术节点进行协同创新，开展关键技术和共性技术攻关，从产业关联的角度，实现整体性、战略性、长期性的协同创新。
　　
　　以上五种模式中，前三种模式强调协同创新主体核心，后两种模式强调协同创新载体。每种模式都有其适应范围，战略性新兴产业应当根据技术特点、创新环境和创新阶段的不同，灵活选择创新模式。
　　
　　夯实基础
　　
　　加快建设协同创新平台载体
　　
　　充分整合各类已有的创新平台，建立和夯实资源开放共享机制，避免重复投资，实现战略性新兴产业创新要素的高度融合。应以重点企业、高等院校和科研院所为主体，建设以新产品、新工艺研发为主的工程（技术）研究中心、工程（重点）实验室、企业技术中心等；构建面向行业产业的协同创新中心，以工程技术学科为主体，以培育战略性新兴产业和改造传统产业为重点，通过高校与高校、科研院所，特别是与大型骨干企业的强强联合，支撑我国行业产业发展的核心关键技术和高端产品的研发；依托国家高新技术产业基地、专业园区和特色产业基地等，有效汇聚区域内各种创新要素，建设重大技术开发平台。
　　
　　多策并举
　　
　　完善协同创新服务体系
　　
　　要建立支持协同创新的科技金融体系，创新金融服务科技的方式和途径，引导银行、证券、保险、信托、投资、担保等机构广泛开展适应协同创新需求的金融创新，协同支持新兴产业重大项目、创业投资和成果孵化，进一步完善和推进科技保险工作，通过财政风险补偿转移机制，鼓励各类担保机构加大力度为协同创新主体提供担保服务，有效预防和化解协同创新风险。
　　
　　要健全协同创新信息服务体系，构建多层次、综合性的创新信息发布和交易平台，培育多种类型和层次的创新信息中介服务机构，提供专业服务，进一步健全和完善科技信息库的建设。
　　
　　要促进创新成果知识产权化，深入实施知识产权战略，强化协同创新的知识产权导向，建立知识产权评议和预警机制，促进知识产权向现实生产力转变。
　　
　　要完善技术要素参与收益分配政策，实施协同创新专利成果转化奖励制度，大力培育知识产权服务业，提升知识产权创造、运用、保护和管理能力，鼓励各协同创新主体主导或参与制定战略性新兴产业重大技术标准，增强在国际标准领域的影响力和话语权。